旗舰种业公司先后承担了国家重点研发计划“中国—澳大利亚谷类和健康联合研究中心”子项目，中央财政推广“淮麦33高产配套技术服务与示范推广”、成果转化“高产抗逆淮麦29、30、31新品种研发及产业化”、 区域现代农业与环境保护协同创新中心“淮麦淮稻新品种成果转化及新品种选育”等农业科技推广项目，江苏省科技支撑计划“水稻新型光温敏雄性不育系分子选育及利用”、开放课题“水稻OSCKX2基因的开发与分子设计育种利用研究”“利用CRISPR/CAS9技术编辑Waxy基因选育水稻新品种”等应用科研项目。每年投入研发资金都超过600万元。参加中熟中粳组、黄淮冬小麦南片冬水组等国家区试联合体，参加迟熟中粳、中熟中粳、淮北小麦、淮北夏玉米等江苏省区试联合体。近年来审定了淮麦39、淮麦40、淮核12013、淮麦44、淮稻18、淮稻20、天玉88等一批新品种。

　　长期以来，旗舰种业有限公司围绕“天赐良种，丰收万家”的理念，创天丰优质品牌，本着质量立企的原则、从源头上控制产品质量，在多地设立三圃田近100亩，建有各类基础繁材生产田3000亩，提前介入品种去杂保纯的工作，在品种进入生产试验时就建立种子生产的三圃体系。贯彻抓良繁就是抓基础繁材的理念，确保在品种进入大面积推广时，有高质量的产品为生产服务。